Акционерное общество «Южморгеология» как самостоятельное предприятие (Производственное объединение «Южморгео») было создано на базе Геленджикского отделения ВНИИМоргео (с 1949 по 1960 гг.- НИМГЭ) в качестве ведущей организации в области морской разведочной геофизики.

1978 г. в связи с перепрофилированием предприятия на изучение и подготовку к освоению нового вида минерального сырья – полиметаллических железомарганцевых конкреций (ЖМК) дна Мирового океана оно было преобразовано в научно-производственное объединение (НПО «Южморгеология»)  с возложением обязанностей головной организации по направлению «Изучение твердых полезных ископаемых Мирового океана».

За внесение решающего вклада в научно-методическое и технологическое обеспечение  решения данной проблемы, выразившееся в закреплении за Россией по итогам проведенных организацией  широкомасштабных ГРР, в Мировом океане участка дна в Международном районе, содержащего уникальное месторождение ЖМК с запасами руды более полумиллиарда тонн, в 1998 году ФГУГП «Южморгеология» был присвоен статус Государственного научного центра.

В 2016 г. предприятие реорганизовано в акционерное общество, вошло в состав государственного холдинга «Росгеология».

По состоянию на текущий момент АО «Южморгеология» является единственным в Российской Федерации предприятием, обеспечивающим от имени государства реализацию его прав на освоение минеральных ресурсов Международного района дна Мирового океана, юридически закрепленных в рамках полномочий Международного органа по морскому дну (МОМД) в форме контракта на разведку глубоководного месторождения железомарганцевых конкреций (ЖМК) в зоне Кларион-Клиппертон Тихого океана, заключенного 29 марта 2001 года.

Одновременно АО «Южморгеология» является активным фигурантом отечественного и мирового рынков морских геофизических услуг, обеспечивая выполнение государственных заказов, а также  заказов отечественных («Роснефть», «Газпром», «Газпром нефть», «Лукойл», «НОВАТЭК») и зарубежных (“Interoceanmetal”, “Nautilus Minerals”, "Kaspy Shipping Service", «GSR» и др.) недропользователей и сервисных компаний.

К уникальным особенностям АО «Южморгеология» относится его научный, экспериментальный и опытно-производственный потенциал, включающий:

·         Научно-исследовательский и проектный институт НИПИокеангеофизика;

·         Специальное конструкторское бюро (СКБ морского приборостроения) с опытным производством;

·         Центральную химико-аналитическую лабораторию;

·         Три производственные экспедиции (Геолого-геофизическую, по работам в Мировом океане и Инженерно-геологическую);

Научно-исследовательский флот в составе двух судов океанского класса (НИС «Южморгеология» и НИС «Геленджик») и НИС «Аквамарин», которое обеспечивает выполнение комплекса геолого-геофизических, инженерно-геологических, экологических и других исследований в акваториях внутренних морей РФ.